의원도 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있나요?

의원도 감면 업종인가요

네. 의료업은 감면 업종이에요. 다만 의원급에는 조건이 따로 붙어요.

중소기업 특별세액감면(조세특례제한법 제7조)의 감면 업종에는 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업이 들어 있어요. 그런데 의원·치과의원·한의원은 아래 두 조건을 모두 채운 해에만 감면 업종인 의료업으로 봐요.

두 가지 조건은 무엇인가요

요양급여 비율과 종합소득금액이에요. 둘 다 채워야 해요.

비급여 진료 비중이 큰 곳은 요양급여 비율이 80%에 못 미치기 쉬워요. 반대로 건강보험 진료가 대부분이어도 그해 종합소득금액이 1억 원을 넘으면 감면을 받을 수 없어요.

병원급은 다른가요

병원·치과병원·한방병원·요양병원 같은 병원급에는 이 두 조건이 붙지 않아요.

조문상 두 조건은 의원·치과의원·한의원에만 적혀 있어요. 병원급 의료기관은 중소기업 요건 같은 나머지 요건을 갖추면 의료업으로 감면을 받을 수 있어요.

얼마나 감면되나요

소기업이면 10%, 소기업보다 큰 중소기업은 수도권 밖에서만 5%예요.

수도권은 서울·인천·경기예요. 중기업은 소기업이 아닌 중소기업이에요. 법인은 본점이 수도권에 있으면 모든 사업장을 수도권에 있는 것으로 봐요.

감면액은 그 사업장 소득에 대한 세금에 감면율을 곱해 구해요. 한도는 연 1억 원이고 그해 상시근로자 수가 직전 해보다 줄었다면 줄어든 1명당 500만 원씩 한도가 줄어요.

소기업인지는 매출액으로 가려요. 보건업의 소기업 기준은 2025년 9월 개정으로 매출액 10억 원 이하에서 15억 원 이하로 올랐어요. 지난 연도를 볼 때는 그해에 어떤 기준이 적용되는지 확인해야 해요.

받지 못했다면 어떻게 하나요

조건을 채운 해인데 감면이 빠져 있다면 경정청구로 다시 청구할 수 있어요.

지난 종합소득세 신고서의 세액감면란을 보면 적용 여부를 알 수 있어요. 비어 있는 해 중 두 조건을 채운 해가 있다면, 법정신고기한부터 5년 안에는 다시 청구할 수 있어요.

의원은 매출과 관계없이 복식부기로 장부를 써야 하는 사업자라서 기장세액공제는 해당하지 않아요. 직원이 늘어난 해가 있다면 고용 세액공제는 따로 확인해 볼 만해요.