중소기업이 놓치기 쉬운 세액공제·감면 5가지

제도는 있는데 신고서에 들어가지 않은 채로 지나가는 항목들이 있어요. 현장에서 가장 자주 빠지는 다섯 가지를 근거 조문과 함께 정리했어요.

왜 놓치게 되나요

세액공제와 감면은 신청해야 적용돼요. 자동으로 계산되지 않아요.

요건에 해당한다고 해서 세무서가 알아서 빼 주지 않아요. 사업장이 요건을 확인하고 금액을 계산해서 신고서의 해당 항목에 적어 넣어야 반영돼요. 그 과정이 한 번 빠지면 그 해는 그대로 지나가요.

세금을 줄이는 세 가지 방식
구분무엇을 줄이나요이 글에서 다루는 예
소득공제세금을 매기기 전 소득이 글의 대상은 아니에요
세액공제계산이 끝난 세금에서 금액을 뺌통합고용세액공제 · 연구개발 · 투자 · 기장
세액감면계산이 끝난 세금의 일정 비율을 깎음중소기업 특별세액감면

아래 다섯 가지 중 넷은 세액공제, 하나는 세액감면이에요. 둘은 중복 적용이 막히는 조합이 있어서 구분해 두면 편해요.

아래 다섯 가지는 대상이 넓은데도 자주 빠지는 항목이에요. 하나라도 해당되는데 신고서가 비어 있다면 5년 이내에는 경정청구로 다시 청구할 수 있어요.

자주 빠지는 공제·감면과 근거 조문
제도근거 조문대상
통합고용세액공제조특법 제29조의8직원이 늘어난 사업장
중소기업 특별세액감면조특법 제7조감면 업종 중소기업
연구·인력개발비 세액공제조특법 제10조연구개발 비용이 있는 사업장
통합투자세액공제조특법 제24조설비·시설에 투자한 사업장
기장세액공제소득세법 제56조의2복식부기로 신고한 개인사업자

조특법은 조세특례제한법이에요. 적용 요건과 공제율은 과세연도와 사업장 상황에 따라 달라져요.

1. 통합고용세액공제

직원이 늘어난 사업장이 늘어난 인원만큼 세금을 줄이는 제도예요.

근거는 조세특례제한법 제29조의8이에요. 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 늘었다면 1명당 정해진 금액을 세액에서 빼 줘요. 청년 정규직, 60세 이상, 장애인, 경력단절여성을 채용했다면 금액이 더 커지고요.

인원이 유지되면 최대 3년간 이어서 적용돼요. 다만 이후 인원이 줄면 받은 세액을 다시 내야 하는 사후관리 규정이 있어요.

예전의 고용증대세액공제와 사회보험료 세액공제 등이 2023년부터 이 제도로 합쳐졌어요.

2. 중소기업 특별세액감면

업종과 지역 요건을 갖춘 중소기업의 세금을 일정 비율로 깎아 주는 제도예요.

근거는 조세특례제한법 제7조예요. 제조업, 건설업, 도매·소매업 등 법에 열거된 업종에 해당하고 중소기업 요건을 갖추면 산출세액에서 일정 비율을 감면받아요. 감면율은 업종·규모·소재지에 따라 달라져요.

대상이 아주 넓은데도 빠지는 일이 잦아요. 업종 판단이 애매한 경우나, 여러 업종을 함께 하는 경우에 특히 그래요.

3. 연구·인력개발비 세액공제

연구개발에 쓴 비용의 일정 비율을 세금에서 빼 주는 제도예요.

근거는 조세특례제한법 제10조예요. 공제율이 높은 편이라 금액이 크게 나올 수 있어요. 연구 전담 인력의 인건비, 재료비, 위탁 연구비 등이 대상이고요.

'우리는 연구소가 없으니 해당 없다'고 넘기는 경우가 많은데, 제품이나 공정을 개선하는 활동도 요건에 맞으면 대상이 될 수 있어요. 다만 인정 범위가 까다로워서 근거 자료를 갖추는 것이 중요해요.

4. 통합투자세액공제

기계·설비 같은 사업용 자산에 투자하면 투자액의 일정 비율을 공제해 주는 제도예요.

근거는 조세특례제한법 제24조예요. 예전에 여러 갈래로 나뉘어 있던 투자세액공제가 하나로 합쳐진 제도고요. 기본 공제에 더해, 직전 3년 평균보다 투자를 늘렸다면 추가 공제도 있어요.

장비를 새로 들이거나 시설을 늘린 해가 있다면 확인해 볼 만해요. 자산의 종류와 사용 기간에 따라 적용 여부가 갈려서 취득 내역을 보고 판단해야 해요.

5. 기장세액공제

간편장부 대상 사업자가 복식부기로 신고하면 받는 공제예요.

근거는 소득세법 제56조의2예요. 간편장부 대상자인데도 복식부기로 장부를 작성해 신고하면 산출세액의 일정 비율을 공제해 줘요. 한도가 있어서 금액 자체는 앞의 항목들보다 작지만 요건이 단순해서 확인하기 쉬워요.

개인사업자에게 적용되는 제도예요. 법인은 해당하지 않아요.

어디서부터 확인하나요

지난 신고서의 세액공제·감면란부터 보면 돼요.

신고서에는 적용받은 공제와 감면을 적는 자리가 따로 있어요. 거기에 금액이 적혀 있으면 그 해에는 이미 받은 것이고 비어 있으면 적용되지 않은 거예요. 연도별로 하나씩 보는 데서 시작해요.

놓친 항목을 찾는 순서
  1. 신고서 확인연도별 공제·감면란에 금액이 있는지 봐요
  2. 비어 있는 항목 추리기요건에 맞을 만한 제도를 골라요
  3. 요건·금액 계산자료로 증명할 수 있는지 함께 봐요
  4. 유리한 조합 결정중복 제한과 최저한세를 반영해요

3단계가 실제로 가장 오래 걸려요. 요건에 맞는 것 같아도 근거 자료로 뒷받침되지 않으면 청구해도 받아들여지지 않기 때문이에요. 인원이라면 4대보험 자료, 투자라면 취득 내역처럼 항목마다 필요한 자료가 달라요.

여러 개를 같이 받을 수 있나요

같이 받을 수 있는 조합도 있고 하나만 골라야 하는 조합도 있어요.

대표적으로 중소기업 특별세액감면과 투자세액공제는 중복 적용이 제한돼요. 같은 고용 증가분에 대해 둘 이상의 고용 관련 공제를 동시에 적용받을 수도 없고요.

그래서 항목을 많이 찾는 것보다 어떤 조합이 가장 유리한지 계산해 보는 것이 중요해요. 연도별로 답이 달라지는 경우도 흔해요.

이렇게 알고 계셨다면요건에 맞으면 세무서가 알아서 빼 주겠죠.

실제로는아니에요. 사업장이 요건을 확인하고 금액을 계산해서 신고서에 적어 넣어야 반영돼요.

이렇게 알고 계셨다면연구소가 없으니 연구개발 공제는 해당 없죠.

실제로는전담 조직이 있어야만 되는 건 아니에요. 다만 어떤 활동이 요건에 맞는지 자료로 보여줄 수 있어야 해요. 인정 범위가 까다롭거든요.

이렇게 알고 계셨다면공제를 많이 찾을수록 좋은 거 아닌가요.

실제로는중복 적용이 막히는 조합이 있고 최저한세라는 하한도 있어요. 개수보다 조합이에요. 연도별로 유리한 답이 달라지기도 해요.

자주 묻는 질문

우리 사업장에 어떤 게 해당되는지 어떻게 아나요?

지난 신고서의 세액공제·감면 항목을 보면 무엇이 적용됐는지 확인할 수 있어요. 비어 있는 항목 중에 요건에 맞는 게 있다면 그게 놓친 부분이에요.

예전에 놓친 것도 지금 받을 수 있나요?

법정신고기한이 지난 날부터 5년 이내라면 경정청구로 다시 청구할 수 있어요(국세기본법 제45조의2 제1항). 가장 오래된 연도부터 순서대로 기한이 끝나요.

공제를 많이 받으면 세금이 0원이 되나요?

제도에 따라 최저한세와 공제·감면 한도가 달라요. 최저한세가 적용되는 항목은 일정 수준의 세금이 남을 수 있어요. 공제가 많다는 이유만으로 세금이 모두 없어지거나 낸 세금을 전액 돌려받는 것은 아니에요.

법인과 개인사업자가 받는 항목이 다른가요?

대부분의 조세특례제한법상 공제·감면은 법인과 개인 모두 적용돼요. 다만 기장세액공제처럼 개인사업자에게만 적용되는 항목도 있어요.

어떤 항목이 빠져 있는지 확인해 보세요

예상 환급금 조회는 무료예요. 경정청구 수수료는 실제 환급받은 금액의 15~30%이며 부가세는 별도예요. 환급금을 모두 받은 뒤 수수료를 별도로 청구하는 후불제예요. 경정청구 진행 전에 자동이체 동의를 받아요. 적용 요율과 업무 범위, 구체적인 납부 조건은 계약 전에 안내해요.

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이 글은 제도를 이해하도록 돕는 일반적인 안내예요. 적용 여부와 금액은 사업장별 신고 내역과 요건에 따라 달라지므로 실제 적용은 개별 검토가 필요해요.

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